元代后期,南戏流经江苏昆山一带,与当地语音和音乐相结合,经昆山音乐家顾坚的歌唱和改进,推动了他的发展,至明初遂有昆山腔之称。
明万历年间(1573~1619年)出现大批作家和作品,并以苏州为中心向长江南北广泛传播。明嘉靖十年至二十年间,居住在太仓的魏良辅总结北曲演唱的艺术成就,吸取海盐、弋阳等腔的长处,对昆腔加以改革,总结出一系列唱曲理论,从而建立了委婉细腻、流利悠远,号称“水磨调”的昆腔歌唱体系。
从明天启初到清康熙末,是昆曲蓬勃兴盛的时期。剧作家的新作品不断出现,表演艺术日趋成熟,行当分工越来越细致。从演出形式看,由演出全本传奇,变为演出折子戏。折子戏的演出既删除了软散的场子,又选出剧中的一些精彩的段落加以充实、丰富,使之成为可以独立演出的短剧。由于昆曲格律严格,文辞古奥典雅,使她逐渐脱离了世俗社会。到乾隆末年,在北方昆曲的优势地位已经让位给后来兴起的花部乱弹了。