嘉靖十一年（1532年）龙虎山正一嗣教真人张天师驻山，因世宗祈嗣灵应，敕建玄天太素宫，置真人府，配各级道官：太素宫置提点，真人府设赞教、知事，山、庙有住持，县设道会司，州设道正司，府设道纪司，中枢最高设道箓司等机构。 清朝，齐云山被乾隆皇帝题为“天下无双胜地，江南第一名山”。 民国二十三年（1934年），休宁县国民政府设置齐云山管理委员会。 民国二十九年（1940年），太素宫前殿倾坍，为整修宫殿，休宁县政府将管理委员会改组为整理委员会。 民国三十五年（1946年），因香市人杂，为维持治安，休宁县设置驻山警察分队。 1949年，中华人民共和国成立后，在土地改革运动中，齐云山整个风景区内的山场田地，分别属于岩前镇、渠口乡和黟县的渔亭镇，划归农民所有。 1979年以后，休宁县人民政府先后成立了齐云山管理处和齐云山道教协会。 1978年，齐云山太素宫宫观修复开放。 1980年起，休宁县政府在东阳道院和伯阳道院，梅轩道院旧址上新建了凌风，海天一望，望仙三亭，修复了玉虚宫，罗汉洞，真武殿（太紊宫）等。
