嘉定七年（1214年），朝廷赐钱万锣修缮圆通殿，并指定普陀山为专供观音的道场。 [8] 元朝，普陀山称补陀洛迦山。 元大德三年（1299年）六月，敕封江南释教总统、宝陀观音寺主持一山为妙慈弘济大师，携带国书出使日本，弘扬佛教，与日通好。 宋至明代，普陀山有以梵语“补怛洛迦”意译称白华山。 明洪武十九年（1421年）实行海禁，命汤和进山烧殿毁佛，并将僧人迁到明州栖心寺（今宁波七塔寺），直至明孝宗弘治元年（1488年），才迎佛回山，重建寺院。 [9] 明孝宗嘉靖年间（1522年一1566年），普陀山的寺庙被毁，宝陀观音寺也未能幸免。 [9] 明万历三十三年（1605年），钦赐宝陀观音寺为“护国永寿普陀禅寺”，山以寺名，此为普陀山名之始。 [9] 清康熙八年（1669年），荷兰殖民者入侵普陀，该寺除大殿未毁外，其余均荡然无存。 [9] 清康熙三十八年（1699年），修建护国永寿普陀禅寺，并赐额“普济群灵”，始称“普济禅寺”。 清雍正九年（1731年），普济禅寺扩建殿堂及用房。 [9] 民国十三年（1924年），全山有3大寺、88庵院、128茅蓬，4000余僧侣，仅普济禅寺就有僧众上千。 [10] 民国二十六年（1937年）7月，日军侵占普陀山，海港封锁，香客断绝，庵院失修，佛事败落。抗战胜利后稍有复苏。 [10] 1950年5月19日，普陀山解放，时有僧侣316人。党和政府贯彻宗教信仰自由政策，保护正当宗教活动，并拨款修建普济、法雨两寺和杨枝庵等。 [10] 1958年起，因受“左”的影响和“文化大革命”之各乱，党的宗教政策遭严重破坏，宗教活动一度中止，粉碎“四人帮”之后，党的宗教政策得以重新落实。 [10] 1979年4月，普陀山管理局成立，国家拨出资金和物资，抢修危房，修复景点。
