清康熙元年至嘉庆十一年(公元1692--1806年),涠洲居民三度被迫内迁,驻岛行政机构裁撤,但仍有少数“寮民”居留,军事管制由雷州徐闻县的海安营游击和廉州合浦县的龙门协分管,每年分上下二班轮流巡防。同治六年(公元1867年),官府鉴于岛上民居已成事实,便重开岛禁,移雷廉二州船户客民于岛上。至此,荒置百数十年的海岛,田庐重兴。是时法国天主教势力乘机染指该岛设教堂于盛塘村,后又在城仔及斜阳岛各建一座,广纳教徒,是为钦谦地区最早的天主教基地。光绪二十余年,涠洲由雷州正式划归合浦县管辖,置涠洲巡检司,军事建制隶属于龙门协的永安营。宣统初,归属合浦县的靖海团,设“公局”民政机构于岛上。