1565年,西班牙殖民统治菲律宾,菲律宾这个名字,就是来自西班牙国王菲利普二世的名字。1603年和1639年,西班牙殖民者二次屠杀在菲律宾的华侨华商,死亡人数达五万余众。在得知菲律宾华侨的处境后,1657年,郑成功曾经致函给爪哇岛巴达维亚的一位华侨甲必丹,要求他停止与菲律宾的西班牙殖民者进行贸易往来。郑成功曾多次对菲律宾华侨表示关切,并提出要率兵攻取菲律宾,以惩罚西班牙人。1662年,郑成功攻下台湾后,遣使到菲律宾向西班牙总督递交国书,谴责其杀戮掠夺华侨的罪行,严令其改邪归正,俯首纳贡,但西班牙人反而因此在马尼拉进行了第三次对华侨的屠杀。郑成功闻讯大怒,决定挥师征讨,为华侨报仇。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨,一方面组织筹备军队,派人暗中与在菲律宾的华侨联络,以到时可里应外合,但还没出兵,他得知儿子郑经在厦门跟奶妈陈氏通奸,郑成功勃然大怒,命部将郑泰杀郑经,郑泰因不忍而抗命,又患疟疾,不久病危,1662年6月23日病逝。后来,其郑经也于1670年和1671年两次准备派舰队征讨马尼拉,但最终没有出兵。