2005年8月,印尼政府与“亚齐独立运动”分离组织达成和平协议。2006年7月,印尼国会通过亚齐管理法。2006年12月,亚齐举行地方选举,前“亚独运动”领导人伊尔万迪·尤素夫(Irwandi Yusuf)和穆罕默德·纳扎尔(Muhammad Nazar)当选省长和副省长。2012年4月,前“亚齐独立军”领导人宰尼·阿卜杜拉(Zaini Abdullah)和穆扎基尔·马纳夫(Muzakir Manaf)当选省长和副省长,任期至2017年。
2006年7月,印尼国会通过新《国籍法》,取消部分带有种族歧视和性别歧视的内容。2008年10月,印尼国会通过《消除种族歧视法》。2014年3月,印尼总统苏西洛签署2014年第12号总统决定书,正式废除1967年第6号通告,把“支那”(cina)改称“中华”。1967年第6号通告是印尼前总统苏哈托时代的产物,包含对中国与华人的国格和人格的歧视与侮辱。当地华人表示,40多年来对中国和华人的歧视称呼将一去不复返了,这是印尼民主政治进步的体现。 2018年6月8日,联合国大会选举印度尼西亚为2019年和2020年安理会非常任理事国。