1926年1月,吴、张取得“谅解”,共同决定:直军由京汉线北上,直鲁联军由津浦线北上,奉军负责西北,一同进攻冯玉祥的国民军。接着,奉、直、直鲁三军联合向国民军发动了进攻。为了瓦解直、奉联盟,国民军鹿钟麟部于1926年4月10日推倒了段祺瑞政府,释放了曹锟,希望以此取得吴佩孚的谅解而与吴建立反奉同盟,但为吴所不许4月下旬,国民军被迫退至西北的绥远、甘肃。随着国民军退出北京,奉系对北京政府的控制加强了。奉系虽加强了对北京政府的控制,但吴佩孚势力的发展也一度影响到了北京的政局,张、吴之间在如何组织新政府问题上发生了激烈的斗争。吴佩孚提出恢复曹锟的法统,张作霖则提出恢复约法、召集新国会。5月以后,北京政府的内阁不断更换,十分混乱1926年12月,张作霖就任“安国军”总司令。1927年6月,张作霖在北京正式组织了“安国军政府”,自任大元帅。北洋军阀统治时期,地方军阀中势力最大的是西南军阀集团。西南军阀集团中,又以唐继尧为首的滇系集团和陆荣廷为首的桂系集团势力最大。西南各省军阀经常为争夺地盘而混战。由于他们力量有限,他们在军阀争战期间,时而勾结北洋军阀中的某一派系,时而投靠孙中山的南方革命政府,情况复杂多变。唐继尧是辛亥革命后滇系军事集团的主要首领之一,1915年底护国战争爆发时,他被推为护国军政府都督。护国战争期间,滇军、黔军以护国军的身份进入了四川。战争结束后不久,蔡病死,唐继尧开始在云南建立起个人独裁统治,并控制了贵州及四川的一部分。唐继尧长期怀有“西南王”的野心,他积极图谋控制四川。孙中山揭起护法运动的旗帜后唐继尧叫喊拥护护法,并以护法为名不断派兵入川。以后,川军与滇、黔军不断发生战事。
1920年,四川各军联合“保川反唐”,将滇军赶出了四川。之后,滇系内部发生内讧,唐继尧虽很快制了局势,但滇系将领杨希闵、杨如轩等人转而投靠了孙中山。唐继尧谋四川不成后,将扩张方向转向两广。1925年,唐继尧派滇军入桂,发了滇桂战争。滇军一度取得胜利,并占领南宁,但是很快又遭到了失败。6月,滇桂战争结束,滇军退回云南。此后,滇系军阀由外扩张转为向内收缩,但内部矛盾又日益尖锐起来。1927年2月,滇军实力派胡若愚、龙云、张汝骥等通过政变,结束了唐继尧在云南的独裁统治。军阀陆荣廷长期盘踞广西。辛亥革命爆发后,广西宣布独立,陆荣廷被推为副都督,后继任都督。1917年4月,陆荣升任两广巡阅使,两广从此便被他视为自己的地盘。第一次护法运动后,桂系与粤军许崇智、陈炯明势力的矛盾逐渐尖锐起来。1920年8月,陆荣廷发动了第一次粤桂战争,但是遭到失败。