1206年春蒙古贵族们在斡难河(今鄂嫩河)源头召开大会,在本次大会上蒙古贵族们共同尊奉乞颜氏族的铁木真为成吉思汗,以此为标志宣告统一的蒙古汗国正式建立。公元1260年蒙古汗国的开创者成吉思汗的孙子忽必烈在开平(今内蒙古正蓝旗)即大汗位,在这里他接受汉族幕僚的建议:颁布即位诏书,称皇帝,以示自己的正统王朝统治者身份。公元1368年明太祖朱元璋派遣徐达从蒙元手中收复燕京,元顺帝率领蒙元残部退回草原,这一时期退回北方草原的元朝宗室仍以继承了中原正统自居。然而脆弱的游牧经济已无法支撑元朝仿照汉制建立起来的统一帝国,于是蒙古草原迅速恢复到了成吉思汗统一之前的诸部割据状态。
1670年漠西卫拉特蒙古准噶尔部的葛尔丹继承了汗位,此后他击败和硕特部首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗,遂成为卫拉特霸主,把卫拉特联盟变为事实上的准噶尔汗国。两年后他获得达赖喇嘛的赠号“博硕克图汗”(蒙古诸部信黄教以获得达赖赠号为荣)。1688年原本蜗居东欧平原的沙皇俄国却不远万里跨越整个西伯利亚来到远东,于是此时在北亚就形成了大清帝国、准噶尔汗国和沙皇俄国三足鼎立互动的局面。