1938年底,汪精卫背叛国民政府,公开投靠日。老蒋恼怒不已,必欲除之而后快。1939年3月,汪精卫逃窜至越南河内。3月20日晚,在戴笠的策划下,军统派出以陈恭澍为首的秘密行动小组,在当地高朗街27号汪精卫住所实行暗杀任务,行动误击汪精卫秘书曾仲鸣,汪精卫逃过一劫。这次暗杀行动展现出军统对秘密行动的高度执行力。国民党元老陈立夫曾回忆:“我们(中统和军统)的工作,可称之曰党的耳目,你们看人身上耳与目都是成双的。所以党的耳目,亦不妨有两个,互相查对,是有益无损的。”相对而言,中统和军统一明一暗,相辅相成,构成一个完整的特务体系。
抗战的爆发,是中统和军统发展的分水岭。抗战之前,是中统的黄金时期。1928年至1930年,中统“逮捕”中共人员过万名。抗战爆发后,中统在陪都重庆从未破获一个日伪间谍组织,从未抓获一名日谍汉奸。在沦陷区潜伏的中统特务几乎全部叛变投敌,如原中统特务丁墨村、李士群等人投靠汪伪政府后,在上海极司非尔路76号成立特务机关,对全国抗战局势造成了极大的破坏。抗战之前,军统始终被中统压制,发展缓慢,鲜有亮点。在八年抗战期间,军统进入发展的快车道。1941年12月,军统截获日军计划偷袭美国珍珠港的重情报后,及时通知了美国,可惜美方并未重视。1942年,军统搜集各类情报6.5万余份。1943年,军统“总共有709个单位、59座电台,分布在中国国内各地,南洋各国”。