宣德三年(1428年)春,朱瞻基以皇后胡善祥没生儿子且体弱多病为由,废去了胡善祥的皇后之位。同年,孙贵妃被册封为皇后,成为了明宣宗后宫的女主人。史书上并没有说孙氏是如何上位的,不过却很明确地说到了胡善祥是无故被废。虽然这里面明宣宗朱瞻基的个人意志起了决定性作用,但孙氏肯定也在这里面下了不少苦工。著名历史学家蔡东藩对孙氏的评价是:“体态妖娆,性情狡黠,少成若天性。百般取悦上意,把宣宗皇帝玩弄在股掌中。”
当上皇后的孙氏走上了人生的巅峰,但此时还有一件事情让她耿耿于怀。原来胡善祥被废后出家当了道姑,但依然住在宫中。此时已成为太后的张氏非常同情也非疼爱胡善祥,因此每当后宫举办宴会的时候,张太后都会安排胡善祥坐在自己之下的首座席位上,位居孙皇后之上,孙皇后为此感到非常不快,但也无可奈何,毕竟她再怎么牛也不敢与自己的婆婆张太后公然对抗。
宣德十年正月初三日(1435年1月31日),明宣宗朱瞻基逝世。同年二月初九日,朱瞻基和孙皇后所生的长子朱祁镇登基称帝,是为明英宗。孙皇后被尊为皇太后,生活在后宫的女人到了孙太后这个位置,也算是人生圆满了,可是她的故事却并未结束。
正统十四年(1449年),明英宗亲征瓦剌,结果却意外战败被俘。无奈之下,孙太后只好同意让朱瞻基的次子朱祁钰(吴贤妃所生)登基称帝,是为明代宗。临到晚年却失去爱子让享受了大半生荣华富贵的孙太后倍感痛苦,虽然此时她的身份依旧是皇太后,可皇帝已不是自己的亲生儿子了,因此她的皇太后身价也大打折扣。更可气的是,朱祁钰当上皇帝后千方百计阻止瓦剌人释放明英宗,孙太后知道此事却也没有办法。然而没过多久,瓦剌人就意识到明英宗在手里反而是个“烫手山芋”。在经过一番讨价还价后,瓦剌人接受明朝大臣私人提供的一笔极低赎金就放归了明英宗。母子重逢让孙太后万分欣喜,但却令明代宗相当恼火,毕竟一个朝廷出现两个皇帝这算怎么回事。在此后几年时间里,孙太后和被尊为太上皇的明英宗便一直受到明代宗心腹的严密监视,行动毫无自由可言。