据不同的统计,红色高棉管治期间的死亡的柬埔寨人估计超过300万,占当时柬全国人口的约五分之一。造成大屠杀的原因是由以下几个因素形成的:
1、强制迁移
1975年4月17日,红色高棉借口美军即将空袭金边,将首都居民疏散至乡下,并以三日后将可以返回为由,要求居民不必带任何财产。所有居民被迫紧急撤离,部分不愿意的人被军队开枪打死,一些没有能力离开的人如残疾者被遗弃。三天时间内原有200万人口的金边变成一座空城,撤离过程中造成大量人员伤亡。
2、政治清算
红色高棉的政治清算和镇压的对象主要是前朗诺政权的军政人员,包括一般士兵、警察和公务员,也包括朗诺政变前的王室成员。处决方式一般是用卡车将大量此类人员运至某个地点,用木棍殴打至死或是直接枪决。
3、强制劳动
幸存的城市遣散的人员往往和农民一起被迫从事修筑水渠、农田和道路的工作。由于经济状况的恶化,粮食和生活物资缺乏保障,大量的人口在这种强制劳动下死亡。
4、内部清洗
红色高棉对自身组织的纯洁追求近乎偏执,波尔布特喜欢用细菌来形容党内的异己思想,“它们”无处不在,所以党的眼睛必须时刻睁开。红色高棉从一建国开始就以肃清亲越分子(高棉身越南心)、克格勃间谍、美国中央情报局特务和新混入党内的异己分子为借口开始了内部清洗。在1975年10月宣布的民族阵线的13个领导人中,有5个在1977年的清洗中被处决,包括内政部长、两任商务部长、新闻和宣传部长、国家主席团第一副主席等等。各大区的党政军领导人被处决的更多。例如在1978年,由西南区领导人塔莫负责的对东部地区干部和军队的清洗中,半年内就处决了近10万人。而在金边郊外建立的S-21集中营,主要用来进行内部清洗。