早期的森林采伐、过度放牧、环境污染等人为活动的影响造成了保护区动植物栖息地面积减少、质量下降和破碎化，对野生动植物资源的生存和发展造成了严重影响。自然保护区成立，由于生产生活的需要,一些优良用材和观赏树木如云南榧树、长苞冷杉、澜沧黄杉、丽江铁杉、棕背杜鹃等因过量采伐，林地生境恶化，植株数量极其有限，且多散生分布，天然更新困难，严重影响其正常生长。受市场高额利润的驱使，一些珍贵药材和花卉如虫草、松茸、短柄乌头、云南黄连、金荞麦、喜马拉雅红豆杉、红景天、黄牡丹、龙胆花、兰花、绿绒蒿等因长期滥采乱挖，资源破坏严重，分布范围日益减少，已濒临灭绝。 [4] 因传统习惯或利益驱动，周边社区村民非法进入保护区偷捕盗猎野生动物的现象也时有发生，在保护区偷捕盗猎的野生动物种类主要有野猪、岩羊、林麝、穿山甲、水獭等兽类和红腹角雉、白腹锦鸡、鹦鹉、画眉、山斑鸠、竹鸡等鸟类。 [4] 玉龙雪山自然保护区是中国少有的植物模式标本的集中产地，有800多种种子植物模式标本采集于此。国内外科研单位频繁涌入，年进入玉龙雪山进行科学考察的人员达2000多人次。
