在成功分离之后,神舟12号飞船一边改变方向朝下飞行,一边启动发动机来降低飞行速度,这样做的目的是进入下降飞行轨道,通过地球引力来降低高度,然后发动机熄火,飞船进入自由滑行状态,直到降到距离地面约140公里高度。地球大气层厚度大约为100公里,为了不影响到神舟12号返回舱在大气层滑落的姿态,在140公里高度时,神舟12号返回舱将与推进舱分离,这个时候的推进舱使命已经结束,没有任何作用了,反而成功了一个累赘,是该被抛弃的时候了。
返回舱在调整姿态后,以接近每秒7.9公里的速度进入100公里厚的大气层,这个时候也是最考验我国航天技术的时候,返回舱与大气层摩擦将产生数千℃高温,返回舱底部被烧得通红,变成一颗快速下坠的火球,跟流星差不多。这个时候也是最惊险的时候,如果返回舱外表面的防热技术不过关,即便是你有9条命也回不来了,不过我国自主研发的返回舱经受过多次验证,多名航天员都从返回舱内走了出来,例如杨利伟,聂海胜,刘洋,还有王亚平,中国返回舱从未出现过问题,相信这次一定也能经受住考验。返回舱在与大气剧烈摩擦时,周围会产生大量的等离子,包围整个返回舱,阻隔了返回舱与地面的通讯往来,返回舱内没有无波电信号,不过这个过程非常短暂,只有10多秒钟,在航天中,该过程被称为“黑障”,等降落到40公里时黑障消失了,通讯得以恢复。