1217年（宁宗嘉定十年），朱熹之子朱在以大理寺任“知南康军”，兴复书院，邀请李燔去白鹿洞； 1218年（宁宗嘉定十一年）4—5月，同学黄干、胡泳等10多人来庐山交游，建流芳桥，李燔与黄干、陈宓一起讲学《乾》、《坤》二卦，后郡守邀请李燔担任白鹿洞书院堂长； 李燔担任堂长后，白鹿洞书院达到鼎盛，各地学者云集，“讲学之盛，它郡无比”。 元代末年，白鹿洞书院被毁于战火。 明代最早的一次维修为正统元年（1436年），以后还有成化、弘治、嘉靖、万历年间的维修。 进入清代，白鹿洞书院仍有多次维修，办学不断。19世纪末期，中国的政治、经济发生急剧的变化，出现了教育改革的热潮。光绪二十四年（1898年）清帝下令变法，改书院为学堂。白鹿洞书院于光绪二十九年停办，洞田归南康府（今九江市庐山市）中学堂管理。清末宣统二年，清廷废白鹿洞书院名称，改称江西省高等林业学堂。书院于1903年停办。 辛亥革命以后，书院遗址曾遭火灾，藏书大部分损失。 民国七年（1918），康有为曾题写《白鹿洞书院》横额，书院也偶有修整，但终又日益颓坏。国民党军官训练团曾一度占用书院院舍。 抗战时期，又遭到日本侵略军的破坏，合抱大树毁坏甚多。抗战胜利后，蒋介石曾表示白鹿洞书院由当时设在南昌的中正大学接管，作为中正大学的永久校舍，但这个计划并未实现。 新中国成立后，白鹿洞书院得到很好的保护和利用，各级政府先后拨巨款进行三次大的维修，再度兴盛。1959年列为省级文物保护单位，1988年列为全国重点文物保护单位。
